Berawal dari prakarsa Bapak Kyai Muchammad Muchtar Mu’thi untuk menyelenggarakan seminar warisan Empu Tantular, kitab “Sutasoma”. Di kitab Sutasoma ini termaktub kata-kata yang diabadikan dalam lambang Negara Indonesia yaitu, ”Bhinneka Tunggal Ika”, “Berbeda-beda tapi Satu Jua”. Kemudian prakarsa itu ditindak-lanjuti oleh Pesantren Majma’al Bahrain Hubbul Wathon Minal Iman Shiddiqiyyah, Desa Losari, Kecamatan Ploso, Kabupaten Jombang dan diselenggarakan “Seminar Sutasoma Dalam Konteks Peningkatan Cinta Tanah Air”, Kamis 20 Juli 2006 di Rumah Makan Yusro Jombang.
Pengarah Seminar di antaranya adalah Bapak Wady Sutikno, Soeyono Sukemi, Dewa Nyoman S. Hartana, Soeparman dan pembicara di seminar tersebut adalah Drs. Aris Soviani, M.Hum (Kepala Dinas Purbakala Trowulan), DR. Achmad Fauzi SH (Komisi III DPR RI), dan Ir. Edi Setiawan, SE . Hasil dari seminar tersebut, dibentuklah Tim Perumus yang terdiri dari: Drs. Aris S, Wady Sutikno (sekretaris tim), Mochammad Munif, Ki Wisnu, Ir. Edi Setiawan, SE, dan Drs. Kustomo. Tim Perumus Seminar dengan beberapa peserta seminar melakukan 12 kali pertemuan dalam kurun waktu 3 tahun (Agustus 2006 – Februari 2009) di rumah Bejijong, Kecamatan Trowulan, Kabupaten Mojokerto. Juga dilakukan Sillaturrohmi Lintas Agama dua kali yaitu pada tanggal 16 Desember 2006 (dihadiri 20 orang) dan pada tanggal 21 Maret 2009 (dihadiri 33 orang). Di dalam 12 kali pertemuan itulah disepakati Struktur Organisasi: Dewan Penyantun, Dewan Pendiri, Dewan Pakar,
Dewan Penasehat/ Pertimbangan, di bawahnya terdapat pengurus (disepakati pada pertemuan ke-5). Dan lambang organisasi ditetapkan pada pertemuan ke-6, serta pada pertemuan ke-7 ditetapkan nama organisasi yaitu Organisasi Persaudaraan Cinta Tanah Air Indonesia Yang Dijiwai Manunggalnya Keimanan dan Kemanusiaan. Pada pertemuan ke-10 dilakukan perumusan AD/ART dan AD/ART, hingga pada akhirnya disepakati pada pertemuan ke-12. Pada tanggal 21 Maret 2010, PCTA Indonesia dideklarasikan di Pendopo Agung Trowulan Kabupaten Mojokerto Jawa Timur yang dihadiri kurang lebih sekitar 10.000 orang dengan pagelaran seni budaya Mojopahit.
Adalah sebuah kesengajaan bahwa kantor sekretariat pusat PCTA Indonesia ditempatkan di Trowulan Mojokerto, yaitu dengan mengingat sejarah kejayaan Kerajaan Majapahit di masa Gajah Mada dengan Sumpah Palapa-nya sampai terwujudnya Nusantara, berharap PCTA Indonesia bisa membangkitkan kembali rasa cinta tanah air bangsa Indonesia melalui Seni, Budaya, Pendidikan dan Pemberdayaan Ekonomi menuju Indonesia Raya.
PERSAUDARAAN CINTA TANAH AIR INDONESIA, adalah nama badannya, yang terinspirasi dari sila ke-3, ke-4, dan ke-5 Pancasila. Sedangkan, MANUNGGAL-NYA KEIMANAN DAN KEMANUSIAAN, adalah nama jiwanya yang terinspirasi dari sila ke-1 dan ke-2 dari Pancasila. Di dalamnya terkandung maksud agar PCTA Indonesia menjadi organisasi fakta bicara yang diwarnai oleh nilai-nilai Luhur Pancasila dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara. Anggaran Dasar Organisasi PCTA Indonesia, BAB III Pasal 3, Organisasi PCTA Indonesia adalah organisasi yang memiliki sifat: Bebas, merdeka & nirlaba, Mandiri, Kebangsaan yang berkemanusiaan, bukan organisasi keagamaan, bukan organisasi politik dan tidak berafiliasi dengan organisasi politik.
Sehingga di dalam Organisasi PCTA Indonesia ini benar-benar dijaga untuk tidak berafiliasi dengan organisasi politik apapun dan manapun, dan Organisasi PCTA Indonesia ini bukanlah organisasi politik. Juga di dalam Organisasi PCTA Indonesia ini juga benar-benar dijaga untuk tidak membicarakan persoalan agama, karena Organisasi PCTA Indonesia ini bukanlah organisasi lintas agama. Organisasi PCTA Indonesia adalah organisasi yang ingin menumbuh kembangkan kembali rasa cinta tanah air pada bangsa Indonesia melalui Seni, Budaya, Pendidikan dan Pemberdayaan Ekonomi serta IPTEK sehingga bermanfaat seluas luasnya bagi bangsa Indonesia.